公元前 科学势力衰微，魔法开始萌芽。
公元1世纪 基督教发源于巴勒斯坦。耶稣和圣徒们为了抵制罗马帝国的迫害开始研究魔法术式、书写魔道书和发明灵装。
公元313年 随着基督教魔法势力日益强大，罗马君士坦丁大帝（Constantinus I Magnus，272—337）颁布米兰敕令（Edict of Milan），基督教成为罗马帝国所允许的宗教，帝国皇帝为教会最高首脑。而这保证了东罗马（拜占庭）帝国皇帝未来在对抗东方教会时始终处在上风。
公元325年 君士坦丁大帝召开尼西亚宗教会议，阿里乌派被判为“异端” 。正统信仰派得势（“正教”由此得名）。
公元330年 君士坦丁大帝正式迁都到君士坦丁堡（罗马仍为首都之一）。
公元391年 罗马皇帝狄奥多西一世(Theodosius I)宣布它为国教。从此基督教迅速发展，但内部也出现教派分裂（正统信仰派与阿里乌派对立）。公元395年 罗马帝国分裂为东西两部分。西罗马帝国首都仍为罗马，东罗马帝国首都为君士坦丁堡。
公元455年 西罗马帝国皇帝授予罗马主教利奥统治教会的全权，因此罗马主教自称教皇，罗马教廷在罗马城成立。教皇成为基督教世界的最高首脑。教廷开始对古典时代的科学文化横加摧残，对科学家和异端也疯狂迫害，这种迫害一直持续到文艺复兴时期。
公元476年 西罗马帝国被日耳曼人所灭。由于在此期间日耳曼人多次攻克并抢掠罗马城，使得罗马教廷的魔道书和灵装开始散失。罗马教廷在名义上仍属东罗马（拜占庭）帝国皇帝控制。
公元5—13世纪 日耳曼人的部族开始皈依基督教。由于日耳曼人的文化水平比罗马人低，教会成了中世纪时期西欧的唯一学术权威；因为当时几乎只有教士和修士才能读书识字，所有的学者都是教会人士。因此，西欧开始完全陷入一片黑暗的迷信时代。由于日耳曼人出乎意料的迅速皈依基督教，使罗马教廷放弃了寻找散失的魔道书和灵装的想法。因此只在极保密地情况下保有少量魔道书、灵装和魔法师。罗马教皇格里高利一世（590-604年在位）利用日耳曼人入侵的混乱，积极扩展自己的世俗权力，公开与拜占庭帝国皇帝分庭抗礼。
公元751年 罗马城受到入侵的伦巴徳人（日耳曼人的一支）的强大威胁，罗马教皇斯提芬二世为法兰克国王丕平加冕，来换取法兰克王国的支援。丕平将夺自伦巴徳人的意大利拉文那及彭塔波利斯地区赠给教皇斯提芬二世，史称“丕平献土”。从此，“教皇国”诞生了，教皇的世俗君主权也由此形成。
1541年 加尔文在瑞士日内瓦开始了自己的宗教改革，建立了政教合一的国家。因为加尔文在日内瓦残酷打压“异端”而被称为“日内瓦的教皇”， 日内瓦也被称为“新教的罗马”。他所创立的教派被称为加尔文宗新教。
1552年 在法国的武装支持下德国新教诸侯打败天主教同盟。
1552年 经谈判，德意志天主教同盟与新教“士马尔卡登同盟”签定《奥格斯堡宗教和约》规定“教随国定”与“新教和天主教平等”原则，确定了新教的合法地位。但这使德意志出现了两大对立诸侯同盟，为以后的“三十年战争”埋下了伏笔。
1553年 英国玛丽女王登位一度复辟天主教，血腥镇压不服从国教的天主教徒和清教徒。这使清教徒越来越向科学靠拢。
1562年 法国的天主教势力和新教势力间爆发胡格诺战争。
1566年8月 尼德兰（主要是荷兰）爆发“破坏圣像运动”和反对天主教西班牙和罗马教廷的武装起义。
1589年 俄罗斯正教会取得自主地位，建立牧首区，并利用当时和土耳其的良好外交关系获得了君士坦丁堡普世牧首处的魔道书和灵装。以后，使用俄罗斯正教礼仪的教会，常通称俄罗斯正教。
1598年4月13日 法王亨利四世颁布《南特敕令》，宣布天主教为国教，但新教徒有信仰自由，新教和天主教有同等的权力和地位。自此，天主教在法国的地位日渐衰落。
公元16世纪 这个世纪是基督教的辉煌世纪，在耶稣会士的帮助下，天主教在未开化的美洲新大陆和异教的亚洲(尤其在日本，这个世纪被称为“切支丹世纪”)都取得了巨大的成功。
16世纪末至17世纪初 英国新教徒要求按加尔文宗新教的主张改造英国国教，这些改革者被称为“英国清教徒”。
1609年 荷兰与西班牙签定了《十二年停战协定》，西班牙被迫承认荷兰独立。这使得西班牙和罗马教廷丧失了富裕的尼德兰作为经济来源。罗马教廷在政治、经济上的权力继续削弱。
1618年 德意志神圣罗马帝国境内天主教和新教的冲突升级，“三十年战争”爆发。
1622年 日本德川幕府为了巩固统治，防范欧洲人入侵，宣布禁止天主教的信仰和传播，并开始野蛮禁教。
1637年 日本九州岛原半岛和天草岛农民与天主教徒反对幕藩封建压迫和宗教迫害的大起义。又名岛原、天草起义。次年起义失败。幸存者逃散至日本各地，以起义领导者天草时贞（四郎）的姓命名，创立了天草式十字凄教。
1648年 三十年战争以天主教同盟失利而告终。
1649年 天主教同盟与新教同盟签定了《威斯特伐里亚和约》。此次战败使罗马教廷彻底丧失了中世纪以来的特权地位和世俗权力，连宗教权力也丧失了。此次战败也标志着罗马教廷“和信奉天主教的世俗君主结盟来对抗宗教改革运动”这一企图的彻底破产。
重整旗鼓
罗马教廷江河日下，教士们决心重新拿起古老的武器——魔法。置身千年未有之变局，面对千年未有之强敌。古老武器面对全新敌人，他们能否阻止这看似无可挽回的衰落呢？
1660年 罗马教廷正式下令给全球各地的天主教牧师和传教士，开始在全球范围内寻找散失的魔道书和灵装，借以重新组建魔法师战团以遏制新教的扩张并恢复往日的荣光。新教和俄罗斯正教间谍探知罗马教廷行动后，新教开始行动，与罗马教廷争夺散失的魔道书和灵装。俄罗斯正教则更早启动了“魔法师培训计划”。
1688年 英国“清教徒革 命”（即英国资产阶级革 命）告终，“科学-新教” 同盟胜利。英国成为第一个彻底摆脱罗马教廷残余影响力的国家。这使得全欧范围内的革 命运动迅猛发展。
到18世纪，教皇和罗马教廷成为了象征性的存在，丧失了统治地位。
1750年 到此时，罗马教廷“全球范围内寻找散失的魔道书和灵装”的工作基本完成。
1752年 罗马教廷开始选拔虔诚的天主教牧师和传教士作为受专业培训的魔法师学员。
1755年 新教完成“全球范围内寻找散失的魔道书和灵装”的工作。
1770年 到此时，经过多年努力研究和众多的流血牺牲，一批具有“单人对抗整支军队能力”的魔法师学员毕业，开始为罗马教廷效力。
1772年 与罗马教廷培训的魔法师有相同能力的新教魔法师学员毕业。同年，俄罗斯正教培训的魔法师学员毕业。至此，世界三大基督教教派都拥有了自己的魔法师战团。
1773年 因为耶稣会魔法势力越来越强大，罗马教廷希望兼并耶稣会的魔法师战团。因此，罗马教廷解散了耶稣会。只有在不承认教皇统治的俄罗斯和普鲁士他们还可以继续活动。
18世纪末19世纪初 以蒸汽机为代表的第一次工业革 命席卷欧洲，科学迎来了第一个发展高峰期。科学的发展使生产力得到了巨大发展，世俗君主和贵族变成了科学的附庸。与此同时，三大基督教教派发生了分裂。新教和近代科学几乎同时诞生，又同为新兴资产阶级效力，利害趋同，自然走到了一起，结成同盟。这一同盟迫使罗马教廷和俄罗斯正教放下近千年的夙怨，走到了一起，结成同盟。自此世界形成了双雄并立的态势。
1814年 罗马教廷重新认可耶稣会。但耶稣会所有的魔法师、魔道书和灵装全部并入罗马教廷。耶稣会名存实亡。耶稣会的残余魔法师投入反罗马教廷的斗争。
19世纪末20世纪初 以电气工业和化学工业为代表的第二次工业**席卷全球，科学迎来了第二个发展高峰期。与此同时，科学成就迫使罗马教廷和俄罗斯正教与科学的名义代表英国政府签定了《伦敦宗教和约》，与“科学-新教”同盟和解，双方暂时停战，但并未解除战争状态。从此，魔法开始淡出人们的视野。
1917年 俄国十月革 命爆发。
1930年 斯大林宣布在全苏范围内取缔俄罗斯正教教会。教会被迫进入地下状态，势力进一步衰落了。
1941年8月 斯大林宣布恢复俄罗斯正教的合法性，将其作为反纳粹的宣传机构。教会开始恢复元气。
20世纪中叶 以电子计算机和原子能为代表的第三次工业**席卷全球，科学迎来了第三个发展高峰期。与此同时，科学方面实力的壮大使罗马教廷和俄罗斯正教的内部发生分裂，出现了主张与科学妥协的改革派和主张奋战到底的正统派。
1970年 罗马教廷最优秀的魔法师、改革派领袖亚雷斯塔.克劳力向罗马教廷提出所谓“第二次宗教改革运动”，主张与“科学－新教”同盟正式和解。但提议遭罗马教廷否决。人数占优的正统派怂恿罗马教皇将亚雷斯塔投入宗教裁判所。在正统派操纵下宗教裁判所以“异端”的罪名判处亚雷斯塔火刑。
1971年 改革派拥护者发动叛乱以营救亚雷斯塔。叛乱遭到正统派残酷镇压，叛乱者全部牺牲。亚雷斯塔趁机逃出罗马，开始了流浪生涯。正统派因此而组成了讨伐军，全球追杀亚雷斯塔。至此正统派完全控制了罗马教廷。
1974年 亚雷斯塔逃到科学的大本营日本，希望得到收留。但遭到罗马教廷讨伐军联络的俄罗斯正教教会所属日本自治教会的奇袭，亚雷斯塔负伤逃走。
1975年 负伤的亚雷斯塔在苏格兰荒无人烟的沼泽森林中被罗马教廷讨伐军打成重伤。讨伐军认为重伤的亚雷斯塔无法逃走而将他留在森林中自生自灭。万幸（抑或是不幸？）路过的冥土追魂救下亚雷斯塔并将他带回日本。同年，耶稣会的残余魔法师在的罗马教廷的军事压力下被迫投入科学阵营，以继续进行反罗马教廷的斗争。
1979年 科学阵营以亚雷斯塔和耶稣会残余魔法师提供的魔法知识为基础开始独立计划、研究“能力者开发计划”。
1982年 “能力者开发计划”的研究取得重大进展，“能力者开发计划”在理论上被认为是可行的。
1985年 科学家们向日本国会提出了建立“科学的学园都市”的议案。
1987年 日本国会批准了建立“科学的学园都市”的议案，并在东京都西部划出一片广大的土地作为建设用地。
1988年 学园都市正式破土动工。亚雷斯塔成为学园都市理事长。同时学园都市在全球招募了数千名十岁以下儿童作为“能力者开发计划”的试验者。
1993年 经过多年努力研究和众多的流血牺牲，第一批等级1－4的诞生。同年，学园都市基础建筑竣工，树状图设计者也发射升空。
1995年 学园都市又再在全球招募儿童作为“超能力者（人工圣人）开发计划”的试验者。“超能力者开发计划”正式开始。
2005年 第一批七位超能力者（等级5）诞生。“超能力者开发计划”宣布完成。
2007年 上条当麻进入学园都市。同年，“绝对能力者实验”开始。
复兴之路
科学的发展似乎永无止境。学园都市的出现和成功使现实加速与罗马教廷的梦想背道而驰。罗马教廷的魔法师们，你们能否守住这脆弱的幻想呢？
2008年 罗马教廷决心对学园都市进行军事打击，消灭这个复兴之路上最大的敌人。与此同时，英国清教和学园都市正式开始合作。学园都市也怀着同样的目的准备开战。
2008年7月 上条当麻初遇茵蒂克丝，却遭遇要消除茵蒂克丝记忆的新教魔法师史提尔和神裂。上条虽战败史提尔，但惨败于神裂。上条想解除茵蒂克丝记忆枷锁，但触发了“自动书记”。上条、史提尔和神裂虽战败“自动书记”， 但树状图设计者被“自动书记”发动的“龙王之叹息”摧毁，上条也因此失忆。
8月8日 “三泽塾”炼金术士事件。上条和史提尔战败炼金术士奥雷欧斯。葛利果圣歌队被破坏，罗马正教的最强火力点消失。茵蒂克丝相当于人质一样呆在校园都市，而上条就成了管理者。
8月20-21日 上条介入“绝对能力者”实验。上条战败一方（至少是平手），终止了“绝对能力者”实验（实际上在树状图设计者被摧毁时实验就已名存实亡了）。实验剩下的9960个妹妹被派出校园都市，导致学园都市对世界的支配更近了一步。
8月28-29日 上条刀夜引发“天使堕落”。
8月31日 魔法师艾札力（伪海原光贵）、暗咲逢魔入侵。上条战败艾札力。为救最后之作，一方通行脑部负伤，丧失了演算能力。
9月1日 上条初遇风斩冰华，打败了魔法师雪莉•克伦威尔的入侵。
9月8日 上条参与有罗马正教、天草式以及英国清教共同参与的“法之书”解读事件，拯救罗马正教修女奥索拉。
9月15日 “树形图设计者”核心夺还事件，打败结标淡希，拯救白井黑子于死亡边缘。
9月20日 大霸星祭开幕，“刺突杭剑”事件，上条与土御门元春、史提尔一起追捕欧丽安娜。三人意外圆满的解决了“使徒十字”事件，阻止了罗马教廷控制学园都市的企图。
9月26日 北意大利旅行，“亚得里亚海女王”事件，上条拯救包括雅尼斯在内的250名正教修女。
9月30日 上条与御坂美琴履行“惩罚游戏”的约定。茵蒂克丝、最后之作走失，上条与一方打败猎犬部队和前方之风的入侵。人造天使「修斯•风斩」首次应用。这次“9.30”事件是双方战争从策划准备到开始决裂的一个分水岭。
10月3日 上条扫荡Skill Out击败浜面仕上，救下御坂美玲。
10月7日 魔法势力暴乱，“C文书”事件，上条于法国击败左方之地。幻想杀手的秘密初现水面。
10月10日 上条重伤，包括神裂火织在内的天草式众人联手击退后方之水。
10月17日 上条前往英国，第二王女叛乱事件。一方通行为救最终之作前往俄罗斯。浜面、泷壶逃脱学园都市追杀，前往俄罗斯。
10月18日 众人协力解决叛乱。右方之火夺取茵蒂克丝「自动书记」远程控制器。上条前往俄罗斯。
10月30日 俄罗斯事件延续第三次世界大战爆发，右方启动“伯利恒之星”，神之力再临。上条击败右方。Index自动书记模式解除.「伯利恒之星」陨落上条下落不明。
