“为了让你更好的融入NERV，你必须住到我那里去，让我更好地对你言传身教。”葛城美里俏丽的面孔突然严肃地道。上条有些诧异但很快平静了下来道：“让我和你一起住也不是不可以，但我有一个条件。”“什么条件？”“丽住的地方环境太差，我要她也住你那里。”上条严肃道，可葛城美里看穿了他的真实想法却未点破。
很快两人就来到了绫波丽小区的楼下，“你去吧，我就不去了，别让我等太久。”葛城美里对上条说道。上条跑到四楼绫波丽的房间，直接推开了门。此时绫波丽正坐在床上，目光有些焦虑，因为上条已经出去太长时间了。她听到推门声，转过头来便看到了上条。她的眼睛里划过一丝喜色，“你去哪了？”绫波丽主动问道。“我跟葛城美里去了NERV。”“她怎么会带你去那儿？”“因为我是巨人所以要了解情况，对了我还加入了NERV呢。”
“为什么要加入我们？”“我要与使徒战斗，而且这样一来我也可以更好地保护你啊！”绫波丽俏脸一红：“可是这样你会有危险，而且我可以保护好自己也可以保护你的。”上条笑道：“应该是我来保护你，哪有女人保护男人的？”绫波丽脸上泛起一丝微笑，心里充满甜蜜。“不过我以后要和葛城美里住了，他们想监视我。"上条故作不满，“怎么这样？”少女也有点不满但是少年说：“你可以跟我一起住哦。”“真的？"“真的，快点收拾下吧。”
等上条和绫波丽下楼的时候手上提着大包小包，葛城美里见状问上条道：“你住的地方有要收拾的吗？”于是三人又去了上条的公寓，车的后备箱里装满了少年与少女的行李。很快他们来到了葛城美里家，刚一进门就看到要多乱有多乱的情景。上条无语地看着葛城美里一脸不害羞的表情，长叹一声便和绫波丽投入到大扫除中。
距第三使徒的来袭已经过去了两个星期，碇真嗣也来到了第三新东京市，住在了葛城美里家。而命运的安排，他与绫波丽相识了，还意外地与上条成了好友。因为水天使被杀掉再加上碇源堂短暂离开，并没人成功说服他驾驶EVA。
这天三人照常去上课但是中午午休的时候，绫波丽突然严肃地看着上条道：“这是紧急集合的信号，我们赶紧过去吧。"“哦，通知真嗣了吗？”少女平淡道：“真嗣君不想去基地。”于是上条牵着绫波丽的手跑出了教室，而碇真嗣看着他们亲密的样子，心中涌起一阵失落。
刺耳的警报声响起，市民们正在进入紧急避难所。此时NERV总部。“目标依然在前进，现在对空迎击系统运行率48%。”日向诚道。“非战斗人员和平民呢？”葛城美里严肃道。因为碇源堂不在所以暂时由她来指挥，“报告说已经全部撤退完毕。”青叶茂道。这时上条和绫波丽抵达总部，“真嗣君没有来吗？”葛城美里问道，“通知了，他不想来。”上条道。
“这样的话，丽你准备驾驶零号机出战。”葛城美里刚下命令便被上条打断“丽之前受了伤，况且零号机不稳定。”“但是不动用零号机怎么打？真嗣君又不想驾驶初号机。”葛城美里眉头微皱，“没事的，我可以驾驶零号机作战。”
绫波丽开口道。这时上条却说：“我去驾驶初号机战斗。”“什么？你没受过训练就想驾驶初号机？”赤木律子脸上写满疑惑。“真嗣也没受过训练，他可以为何我不行？丽你待在这，我去跟使徒战斗。”上条道。
上条一再坚持，最后赤木律子带他前去找初号机而葛城美里让绫波丽也做好预防准备。两人穿过一个通道又出了闸门，两人坐上一个小橡皮艇在红色的不知名液体上一路前行。他们到达了目的地，是一个高几百米宽几平方公里的实验场地。很快屋子里的灯光全部关闭而场地的灯亮起，初号机那巨大的身姿显现出来。“这就是我们人类最后的王牌，你真的做好准备了吗上条君？”
“为了大家也为了丽，我要成功驾驶这最后王牌。”上条坚定地道。“第三次冷却结束，惯性轮停止运转，解除连接，辅助电压没有问题。”随着报告响起，巨大的机器人展现出了它完整的身躯，而赤木律子回到了指挥室，她要对上条进入初号机后发生的突发状况做好应急措施。“准备好了吗上条君？”赤木律子问道。“可以开始。"上条按照指挥进入了插入栓中，“冷却完毕，插入栓准备插入。”伊吹摩耶道。
很快，插入栓到达了安全深度，驾驶舱内开始注水。一股黄色的液体进入驾驶舱，上条一脸淡定。“主电源连接，全部回路动力传达，启动开始。"就在这时，通讯器传来焦急的声音：“神经元系统接触异常， 精神陷入深度污染。”葛城美里和赤木律子都看到了对方眼中的紧张，绫波丽的脸上也写满了焦急，再这样下去上条可能会死的！然而事实真的是这样吗？
因为上条精神力比一般人要强，所以他阴差阳错下灵魂进入了初号机的使徒内核。上条朦胧间看到了一个长得清雅秀美的女人，那女人看着他似乎说了句什么，然后上条再度陷入了黑暗之中。等上条醒来时听到一个声音：“上条君你没事吧？”“我没有事，可以战斗。"“神经元检测正常，同步率达到70%。”“没穿战斗服就有这么高的同步率，他和初号机简直绝配。"赤木律子惊道。
“恭喜主人完成隐藏任务：同步初号机。奖励为驾驶大师技能。此技能让主人无论驾驶任何东西都能发挥出大师级水准。”上条嘴角露出一丝不易察觉的微笑。
“一切正常，无暴走现象可以出发。”青叶茂道。而葛城美里也只好暂时放下担心，屏幕上方显示使徒正不断逼近，普通的攻击无法造成任何伤害。“初号机，发射。”葛城美里命令道，“轰"的一声，早已进入发射程序的初号机被弹射器送入电磁轨道，以极快的速度冲向地表。随着一声巨响，初号机来到地上的一片丛林之上。
上条控制初号机做了几个简单动作，刚开始的不适应已经克服。看着屏幕上的初号机风一样的冲向使徒，葛城美里和赤木律子都略微惊讶了下，这么快便能适应并驾驶初号机，简直完美。“上条君要小心，这第四使徒不好对付。”驾驶舱内响起葛城美里的声音，“我当然晓得这头蟑螂不好对付。”上条无奈回了一句。这句玩笑倒是略微缓解了下气氛，就连绫波丽也露出一丝微笑。
上条控制初号机冲出丛林，因为他知道那儿会有两个无辜学生跑出来。军方的武器还在朝第四使徒昼天使开火但它根本不受影响，依旧我行我素地朝基地方向前进，很快上条驾驶的初号机与昼天使碰面了。使徒巨大的红色身体暴露在上条视线里，他敏锐地发现了那颗使徒核心，只要破坏那个就可以让昼天使去见上帝了。
昼天使有飞行和垂直两种状态，此时与初号机近身战斗的自然是垂直状态。上条控制初号机飞速袭向它，打算乱拳把它嘴上的核心砸个稀巴烂。可还没碰上使徒核心，昼天使的两条前腿便生出两条又细又长的光鞭，带着激光与灼热攻向初号机。上条岂能让它如愿，只见初号机一跃而起，在空中来了个转体三周半避开攻击。
见初号机居然躲开了自己的攻击，这让昼天使更加愤怒的同时加大了攻击范围，上条每次驾驶初号机躲过攻击，周围的建筑便会遭到严重损坏，光鞭的威力可见一斑。“上条君，可以快点结束战斗吗？这样只会给第三东京市造成更大破坏，战后的维修也会更麻烦。"见上条只顾躲闪，葛城美里不得不提醒道。
“了解，我马上解决战斗。”上条话音刚落，初号机已经来到了空中，带起身后长长的电缆线跨越了数百米的高度。初号机拔出粒子刀从天而降，在屏幕上可以看见刀身上的剧烈火焰。昼天使见状便立马打开了AT力场，“轰"的一声巨响，初号机的攻势暂时被抵挡住了。但仅是一瞬间，初号机的粒子刀便破开了它的防御。
它甚至来不及张开第二次便被粒子刀狠狠地破坏了核心。那红色球体开始破裂，彻底粉碎，紧接着昼天使瞬间炸裂。红色血液海啸般淹没了东京，天空下起一阵恐怖的血雨。“这么快就解决了？"葛城美里还没从震惊中恢复过来，想不到他这么快就解决了战斗。“当麻，你还好吧。"绫波丽担心道。“放心好了，我一点事都没有而这使徒已经彻底去向上帝报道了。”
指挥室里的众人议论纷纷，讨论着上条这位驾驶员的实力。而绫波丽听见上条的话，一颗悬着的心也放了下来，脸上绽放出笑颜。
