平静的渔港里，沉浸着平凡的人们，平凡的人们，过着平凡的日常。 从上一场毁灭世界的大战开始，已经过去了许久，而这个世界，也从平凡的普通的科技世界，转而变成了不平凡的战争世界，只是这次，人类的对手再也不是人类自己，当然，人类无法抛弃本性中的污点，也不可能做到完美无瑕。
这次的敌人，仿佛是从地狱中到来，人类历史上不曾记载的生物，她们没有任何地球上生物的特征，在人类目前的科技扫描之下，也只能探测出她们是非生物，起初，这些生物只是类似于鱼类的生物，人类丝毫没感觉到有什么不对，只是当一种新生物来看，只是不久之后的日子彻底被改变了
这些生物接触了人类排泄的石油，钢铁，弹药，还有其他的废弃物后，进入了疯狂的生长，从最初的人型，进化成了各种各样的体态，有大有小
而人类完全没有应对她们的科技，还停留在二战之后不久的科技，对于这些生物毫无作用，而这些生物对人类这种由血肉组成的生物一点兴趣都没有，她们只对机械和能源感兴趣，仿佛就像原始文明的掠夺
如果只是短暂的掠夺，以人类的恢复能力，做到与这种生物共存也可以，但是这种生物身体的任何部位对于目前的人类来说都是无法切割或者掠夺的
但是这种生物也不是无敌的，对于人类的轻武器来说，这些生物是无敌的，对于重武器，比如大炮，反装甲兵器，对于这些生物还是有威胁的，但是，在庞大的数量面前，人类各个国家的生产能力就显得微不足道，人类意识到，单独的国家在目前想要阻止异生物是不可能的，只有联合起来才能对抗异生物。
以人类发现的七大洋的最大陆地接入点开发的七个港口，以及设立的七大总督府，以及无数的小提督为基础，建立了人类反抗的七大战线。
在人类的反抗之下，异生物的入侵仿佛得到了遏制，而在人类不停反抗之下，这些生物的诞生地也被人类发现，一扇大门，一扇人类从未见到过的门，被十几厘米厚的铁锈包裹着，虽然没有打开，但是可以看到有许多的红色光束从缝隙中露出，而怪物的型体正是从光线中出现。
任何一种物种都会进化，当这些异生物中进化出第一个有着智慧的个体，经过不断的进化，从鱼型变成人型，在她周围的异生物也变得不安起来，仿佛被她控制了一般，在少女的带领下，异生物们纷纷开始了向着科技的方向进化，而不是像之前各种各样的奇怪形状。
在最初的异生物进化中，诞生在在后世称为驱逐一型的异生物，由于人类第一次发现它的尸体在深海之中，就称呼这类生物为深海
人类在对这些生物的作战之中，发现这些生物的各种形态具有不同的火力以及不同的武器型态，于是将这些生物从弱到强进行了排名：驱逐 巡洋 战列 三级
直到后来，出现了人类无法理解的生物，深海栖舰，她们是一群人形的深海，只是拥有在不现出深海形态，就可以从背上或者手臂和大腿上折跃出舰炮，鱼雷等武器的能力，人类在对等，甚至高于自身的火力以及数量面前，节节败退
而人类也没有被上帝抛弃，在各个大陆之上，出现了许多的鸟居，这些鸟居不是普通的装饰品，而是有着不可思议光辉的门，只要在旁边的槽里投入石油，弹药，钢材这些深海首要掠夺的目标，就可以从异世界召唤出不可思议的少女们，她们拥有着逝去舰船的武力和姓名，以及各地的风俗，只是在人类之中，只有特定的少年们被她们认可，而这些少年们，取代了在各大战线作战的提督们，成为了最初的拥有舰娘的提督，经过多年的战争之下，人类本身的战舰都已损失七七八八，而这些战舰的灵魂也仿佛经过轮回一样，重新成为人们的舰娘，就像上天的恩赐一样。
在22世纪的元年，也就是2100年，人类经历了北极冰川的融化，虽然只是融化了一部分，都是经过多年的深海入侵后，原本的海洋都发生了巨变。在海洋的侵蚀之下，人类的大陆架都被淹没，各种建筑也被不可思议的力量变成了各种原始的矿物，随着海洋的漂流之下，被一些大陆的残骸所吸附，而那些岛屿上也出现了之前的鸟居，在这些幸存的岛屿上，剩余的人类建立了镇守府，继续承担着对抗深海的命运
